Si la CNIL demeure l'instrument du contrôle indirect des citoyens sur leurs données personnelles fichées par les différentes administrations, elle perd une part importante de son pouvoir de contrôle sur les fichiers publics. La création de fichiers de sécurité (police, gendarmerie, renseignements généraux, etc.) ne sera plus suspendue à son aval. Elle rendra un avis consultatif, qui sera publié au Journal officiel, mais n'influera pas, in fine, sur la création de ces fichiers. "La loi de 1978 est un texte clair et fort, rédigé pour pouvoir s'affronter à la volonté de l'Etat, estime Alain Weber, chargé de la section informatique et libertés à la Ligue des droits de l'homme (LDH). Le projet de réforme n'inclut pas cet aspect fondamental."
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