C'est ce qui arrive avec des releases tombées du ciel !! Si le timing n'est pas bon entre ton flux vidéo et ton flux audio c'est que ceux-ci proviennent de sources différentes. Généralement ce sont des flux français provenant de DVD qui sont collés sur les flux vidéo us HD.
Sous MKVToolnix le timing a du certainement être calé pour que ces deux flux soient synchronisé.
Sous tsMuxeR tu as la même chose quand tu sélectionne le flux audio dans la fenêtre "track". Dans "Général Options" tu trouveras une option "Delay (in ms)". Attention valeur en ms (milliseconde) = 1 s = 1000 ms
A toi de jouer sur le timing et bon chrono !! Au résultat final teste le fichier m2ts qui se trouve dans BDMV/STREAM avant de le graver pour voir la synchro vidéo/audio.