Folding@Home, c'est quoi ?
Popularisés par le célèbre Seti@home, les projets distribués fleurissent sur le net. Dans la lignée du Décrypthon, Folding@Home est actuellement le projet distribué le plus prometteur : il s'agit d'un projet biomédical qui étudie le repliement des protéines humaines afin de mieux comprendre et traiter de nombreuses maladies, comme celle de Creutzfeld-Jakob, d'Alzheimer, ou le cancer.
Le projet Folding@Home étudie la manière dont les protéines se replient sur elles-mêmes, c'est ce que l'on appelle la structure secondaire de la protéine (sa structure primaire étant la séquence d'acides aminés dont elle est composée). Ce calcul du repliement est essentiel pour comprendre l'action des protéines et leurs implications dans certaines maladies génétiques.
Cette simulation étant d'une incroyable complexité, elle nécessite une grande puissance de calcul et c'est ce qui a poussé l'équipe du professeur Vijay Pande, de l'université de Stanford en Californie, à adopter la technique du calcul distribué par Internet : chaque machine reçoit une petite part du calcul, le résultat du calcul originel étant ensuite recomposé à partir de ces diverses parties.
De nombreuses équipes ont choisi de participer à ce projet, les plus connues étant issues des plus grands sites comme Hardware.fr, Clubic, Présence PC ou PC INpact. En effet :
- Il s'agit à l'heure actuelle d'un projet prometteur, salué par la communauté scientifique, donnant lieu à de nombreuses publications dans de prestigieuses revues comme Nature ou le Journal of Molecular Biology
- Les résultats trouvés sont entièrement libres de droit et disponibles gratuitement pour les chercheurs du monde entier.
- Le projet est prétexte à une compétition entre les différentes équipes particulièrement prenante et excitante. Chaque protéine calculée vous gratifie ainsi qu'à votre équipe d'un certain nombre de points (variant avec la complexité de la protéine et donc la durée du calcul) Vous pouvez ainsi suivre vos statistiques et votre avancement personnel mais aussi la progression de l'équipe.
Cette idée semble avoir porté ses fruits, puisque la puissance de calcul disponible pour le projet (que l'on peut consulter sur cette page atteint désormais les 195 TeraFLOPS, c'est-à-dire 195 000 000 000 000 d'opérations sur des nombres décimaux par seconde !! Pour comparaison, l'ordinateur le plus puissant du monde, le BlueGene n'atteint 'que' 70 TeraFLOPS, alors qu'un processeur récent comme un Pentium 4 cadencé à 3Ghz ne dispose que d'environ 3 GigaFLOPS.
Cette nouvelle est très encourageante quand on pense que toute cette puissance de calcul provient uniquement des machines personnelles des participants au projet
Quelques pages de statistiques
- le classement de l'Alliance Francophone
- la compétition entre les équipes
- le TOP 1000 des utilisateurs
- Les stats de tous les utilisateurs de l'Alliance Francophone
L'équipe [GN] sera pour l'instant constituée de tous les lecteurs de Gravure-News qui auront [GN] dans leur nom d'utilisateur. - les stats détaillées de la progression de l'alliance francophone par rapport aux autres équipes
Comment participer ?
C'est très simple, il suffit de :
- Télécharger le client iciet choisir votre OS et la version "console" (conseillée car plus rapide et plus stable que les versions graphiques)
- En UserName mettre le préfixe [GN] suivi d'UN UNDERSCORE puis de votre nom. Les espaces ne sont pas autorisés, il faut donc les remplacer par des _ (underscore).
Exemple : [GN]_PIER.
Pour plus de précisions sur les régles de nommage vous pouvez consulter cette page. - En Team Number mettre le numéro 51 Vous rejoindrez ainsi avec nous l'Alliance Francophone, la premiere équipe francophone participant au projet.
- Valider par Entrée les questions suivantes.
Une aide complète concernant l'installation est diponible sur cette page.
Remarque : vous n'aurez pas à répondre à ces questions la prochaine fois car les réponses sont sauvegardées dans un fichier de configuration.
C'est parti ! le client se connecte à internet, il télécharge du travail et se met à plier une protéine en tache de fond. Le client n'a alors plus besoin du net jusqu'au moment où le calcul sera terminé. Il se connectera alors automatiquement pour renvoyer la protéine et en demander une autre.
A noter que le client ne ralentit pas votre machine. Il ne s'alloue que les cycles CPU inutilisés.
Si vous désirez afficher des infos sur le traitement en cours de votre client en local voire des autres clients que vous auriez installé sur d'autres machine de votre réseau, le logiciel Electron Microscope est fait pour vous.
Pour toutes questions, n'hésitez pas à visiter le site de l'Alliance Francophone. Celui-ci contient une présentation plus détaillée du projet, un espace membre , des benchmark des différentes protéines, une aide à l'installation du client, les traductions des articles concernant le projet, et bien plus encore !
Alors rejoignez la team !
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